Offres de Thèses

Chimie, Sciences de la Vie

Thèse d’Ecole Doctorale

Titre :  » Distribution spatio-temporelle de l’oxygène et de l’expression des gènes au sein d’un biofilm bactérien multi-espèces  »

Description : Les bactéries adhérant aux surfaces forment des matériaux 3D appelés biofilms. Ces organisations vivantes et concentrées ont un impact considérable sur les activités humaines et l’équilibre de nombreux écosystèmes naturels. La physico chimie qui prévaut dans le biofilm est très spécifique. Notre projet est, en associant biophysiciens et chimistes, de lever les verrous associés à l’étude des biofilms bactériens vivants par microscopie de fluorescence. La stratégie est de coupler le développement de nouveaux rapporteurs génétiques non-sensibles à l’O2 et celui d’un dispositif de microscopie optique incluant une excitation par nappe laser et des mesures conjointes de temps de vie et d’intensité de fluorescence. L’objectif est d’accéder à des mesures quantitatives fiables qui permettront d’éclaircir les relations causales liant les paramètres physico-chimiques locaux aux fonctions biologiques.

Contact : nelly.henry@upmc.fr

Lieu : Laboratoire Jean Perrin Biophysique des micro-organismes – Paris

Fin de Candidature : 13/06/18


Titre :  » La caractérisation et le rôle des Hg-biomolecules majeures produites par le phytoplancton (H/F)  »

Description : La compréhension des voies de transformation du mercure (Hg) dans les systèmes aquatiques est un domaine de recherche actif. Cependant face à l’important travail effectué sur les bactéries, le rôle des micro-organismes phototrophes dans les transformations abiotiques et biotiques du Hg n’est pas bien compris. Le principal objectif de cette thèse est d’obtenir de nouveaux concepts mécanistiques sur le rôle du phytoplancton dans le cycle du Hg et ses transformations dans les eaux de surface. Le phytoplancton peut affecter le cycle du Hg et ses transformations par l’excrétion de ligands avec une forte affinité pour le Hg, tels que les groupements thiols. L’objectif spécifique de cette thèse est d’examiner dans quelle mesure et dans quelles conditions les ligands biogènes produits par le phytoplancton affectent les processus (a)biotiques de transformation du Hg. Cette étude expérimentale se trouve à la croisée des chemins entre la chimie analytique et environnementale, la biochimie et l’écotoxicologie, et se repose sur l’utilisation des isotopes stables enrichis (et naturels) du Hg. Des techniques de couplage innovantes basées sur la chromatographie en phase gazeuse ou liquide avec l’ICPMS ou la spectrométrie de masse moléculaire seront utilisées tout au long du projet pour effectuer des avancées sur la spéciation moléculaire des composés de mercure et de leurs ligands spécifiques. Etant donné que l’importance du phytoplancton dans la biogéochimie du Hg a toujours été remise en question, mais jamais abordé de manière systématique, de nombreux résultats originaux sont attendus. De nouvelles connaissances fondamentales sur les principales voies de transformation d’un contaminant « global » tel que le Hg sera d’une importance cruciale pour le développement de la modélisation de son cycle biogéochimique, et les stratégies d’atténuation et d’évaluation des risques environnementaux.

Date de début : 01/10/18

Contacts : david.amouroux@univ-pau.fr
zoyne.pedrerozayas@univ-pau.fr

Lieu : UMR5254-SOPPUY – Pau


Biochimie, Physico-chimie

Titre : Approche multi-échelle du suivi dynamique de la déconstruction de la biomasse lignocellulosique (DYNADECOL)

Description : Vous serez accueilli(e) au sein de deux laboratoires : FARE1 à Reims (50%) et du laboratoire BIA2 à Nantes (50%). Ces laboratoires travaillent sur la déconstruction de la biomasse lignocellulosique et son aptitude aux transformations biotechnologiques, au travers d’outils et approches de pointe et complémentaires en microscopies, spectroscopies, biochimie et physico-chimie. Ils ont participé et sont impliqués dans différentes projets nationaux dédiés à la caractérisation de la biomasse lignocellulosiques (Projets ANR : Funlock 2014-2018, Lignoprog 2015-2018, HiSolids 2015-2019, FUTUROL 2009-2017). Ce projet de thèse s’appuie donc sur une expertise reconnue et unique en France. Une véritable opportunité pour réaliser un doctorat de haut niveau au sein d’un réseau de compétences d’excellence.

Date de début : 01/10/2018

Contacts : gabriel.paes@inra.fr et fabienne.guillon@inra.fr

Lieu : Centre de Recherche en Environnement et Agronomie 2 esplanade Roland Garros BP 224 51686 REIMS CEDEX 2 et INRA Site de la Géraudière rue de la Géraudière BP 71627 44316 NANTES CEDEX 3

Fin de candidature : 29/06/2018